GWAS——十分复杂疾病相关的遗传因素的研究方法及实操

---allow-no-sex ---adjust ---dog ---noweb ---out coatColor

7 画所示

#数据库处理unad_cutoff_sug=$(tail -n+2 coatColor.assoc.adjusted | awk '$10>=0.05' | head -n1 | awk '{print $3}')unad_cutoff_conf=$(tail -n+2 coatColor.assoc.adjusted | awk '$10>=0.01' | head -n1 | awk '{print $3}')#R绘所示data=read.table("coatColor.assoc", header=TRUE); data=data[!is.na(data$P),]bitmap("coatColor_man.bmp", width=20, height=10)library(qqman)png(“man.pdf”)manhattan(data, p = "P", col = c("blue4", "orange3"),suggestiveline = 12,genomewideline = 15,chrlabs = c(1:38, "X"), annotateTop=TRUE, cex = 1.2);dev.off();

最后的结果所示和生成PDF，有没有很简便呢？追捧毛脉，下期将为大家带来更加多使用生信技巧。

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